Vlastní historie naší univerzity a fakulty počíná zřízením zemědělského odboru při České vysoké škole technické (ČVŠT) v roce 1906 dekretem císaře Františka Josefa z 26. října. Děkanem se tehdy stal významný zemědělský odborník profesor Julius Stoklasa.
V roce 1952 byla ustanovena Agronomická fakulta jako jedna z fakult nově založené samostatné Vysoké školy zemědělské v novém areálu na kraji města Prahy. Od té doby plnila funkci hlavního pracoviště pro vzdělávání a přípravu zemědělských odborníků nejen do zemědělských podniků, ale do výzkumných ústavů, státních orgánů a dalších institucí.
V souvislosti rozšiřováním odborného zaměření a aktivit došlo v roce 2005 k přejmenování na Fakultu agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů. Fakulta tím chtěla vyjádřit svůj posun od převážně zemědělsky orientované vzdělávací instituce k šířeji koncipovanému studijnímu i vědecko-výzkumnému zaměření.
V současné době je Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů moderní a respektovanou vzdělávací a vědeckovýzkumnou institucí s více než 4000 studenty a 300 zaměstnanci, s pevným místem na domácím i mezinárodní scéně.
Absolventi fakulty jsou vyhledáváni zaměstnavateli v oblasti zemědělství, zahradnictví, chovu zvířat, ochrany rostlin, kvality zemědělských produktů, v ochraně a využívání přírodních zdrojů, využití a zpracování odpadů, rozvoji venkovského prostoru, obchodu a mnoha dalších oblastech národního hospodářství. Kromě manažerských pozic absolventi také nacházejí uplatnění ve státní administrativě, ve výzkumných ústavech, v odborném školství, nebo jako soukromí podnikatelé.