Intenzivní mezinárodní spolupráce je nezbytnou podmínkou rozvoje pedagogické i vědecké činnosti a hodnocení kvality práce.
Na univerzitní úrovni je fakulta zapojena v konsorciu Euroleague for Life Sciences, které je tvořeno 7 nejprestižnějšími evropskými univerzitami v tomto oboru. Mezi hlavní, každoročně pořádané společné akce Euroleague, patří studentská vědecká konference, která byla v r. 2015 pořádána na ČZU v Praze. Euroleague podporuje i pořádání letních škol, v nichž je fakulta tradičním partnerem v oborech kvality a bezpečnosti potravin, vodních zdrojů, zahradnictví a agrobiodiverzity.
Na fakultní úrovni rozvíjejí mezinárodní spolupráci jednotlivé katedry prostřednictvím pedagogických výměn, mezinárodních výzkumných projektů se zahraničními partnery a komerčního výzkumu realizovaného společně se zahraničními společnostmi v oblasti agrochemie, biotechnologií, osiv, zemědělské mechanizace, informačních technologií aj.
Fakulta patří mezi vyhledávané partnery pro výzkum v oblasti přírodních zdrojů (půdoznalství, výživa rostlin, agroenvironmentální chemie, vodní zdroje, klimatologie), ochrany rostlin, agroekologie, veterinárních disciplín a dalších.
