Rhizosféra je klíčovým prostředím pro případný vstup kontaminantů do rostlin, případně pro jejich transformaci a degradaci. Dochází zde také k složitým interakcím mezi rostlinou, půdním prostředím a půdní biotou. Rhizosféra je složité prostředí, kde téměř každá změna vyvolává komplex řetězových reakcí mezi půdou, rostlinou a půdními mikroorganismy.
V této specifické složce pedosféry, kde kořenový systém je primárním místem kontaktu rostliny s vodou, rizikovými látkami a živinami, jsou sledovány rozdíly mezi volnou půdou a rhizosférou především v půdní reakci, v obsahu živin a rizikových látek, v různých frakcích organické hmoty, ve složení kořenových exudátů (obsahu organických kyselin, včetně mastných kyselin a aminokyselin) a aktivitě mikroorganismů.
Výzkum v oblasti možného vstupu kontaminantů a jejich metabolitů do rostlin a jejich další transformace v rostlinných pletivech a případná interakce s bioaktivními látkami je prováděn na různých rostlinách, včetně tzv. hyperakumulátorů.
V rámci metod použitých v tomto segmentu výzkumu využíváme nádobové pokusy, modelové experimenty s rhizoboxy, počítačovou tomografii (půdní struktura, kořenový systém) a nukleární magnetickou rezonanci (vlastnosti organické hmoty). V kořenech jsou sledovány buněčné a morfologické změny, lignifikace kořene - tvorba ligninu v buněčných stěnách, změny ve složení mastných kyselin, aminokyselin, sterolů. Uvedené změny jsou sledovány na základě obrazových analýz WINRhizo, za využití fluorescenční mikroskopie, GC-MS, HPLC-MS. Současně jsou stanoveny obsahy sledovaných polutantů a živin v rhizosferní půdě, kořenových exudátech, kořenech i v nadzemních částech rostlin.