Klíčová aktivita se zaměřuje na sledování změn v kvantitě a v kvalitě mikrobních společenstev v důsledku kontaminace půdy s ohledem na narušení procesů, které vedou k optimálnímu přísunu živin ke kořenům rostlin. Půdní mikroorganismy se i mohou podílet na transformaci sloučenin rizikových prvků, případně transformovat či degradovat organické polutanty. Budou sledovány jak perzistentní organické polutanty, tak i skupina kontaminantů označovaná souhrnně jako farmaka a prostředky denní potřeby. Přídavek organické hmoty, jako například kompostu nebo některého biologického odpadu pak může stimulovat aktivitu těchto mikroorganismů a zvýšit tak jejich schopnost imobilizovat či transformovat sledované polutanty.
Analytické metody v tomto segmentu budou orientovány na stanovení aktivity půdních mikroorganismů prostřednictvím stanovení aktivity půdních enzymů a obsahů fosfolipidových mastných kyselin, a na podrobný popis mikrobních společenstev na základě analýzy DNA. Pro posouzení role půdních mikroorganismů v procesu transformace a degradace polutantů budou stanoveny jejich obsahy vč. jejich případných metabolitů v jednotlivých skupinách mikroorganismů metodami hmotnostní spektrometrie a separačních technik (MALDI-TOF, HPLC-MS/MS).