Stanovení všech sledovaných látek a jejich metabolitů a následně jejich vliv na zastoupení biologicky aktivních látek a nutričního složení produkce vyžaduje zařazení moderních instrumentálních analytických technik s kvalitním chemometrickým zajištěním analytických dat.
V rámci této aktivity jsou vyvíjeny, popř. modifikovány, analytické metody pro stanovení antropogenních organických látek a jejich případných metabolitů v různých matricích (půda, voda, rostlina, živočich, potravina) pomocí plynové a kapalinové chromatografie v kombinaci s hmotnostní detekcí s vysokým rozlišením (GC-QTOF, LC-QTOF, MALDI imaging).
Podobně jsou stanovovány změny v metabolismu ošetřených rostlin se zaměřením na nutričně, toxikologicky a ekologicky důležité látky. Pro stanovení organických sloučenin prvků (As, Se, Hg) je využívána kombinace HPLC s hmotnostní spektrometrií s indukčně vázaným plazmatem (HPLC-ICPMS), která je robustní a velmi citlivou technikou umožňující identifikaci a kvantifikaci širokého spektra anorganických i organických sloučenin prvků.
Dále jsou vymezovány pozitivně působící biologicky aktivní látky a jejich přestup v jednotlivých stupních potravního řetězce a těkavé látky v různých stupních potravního řetězce pomocí GC-MS.
Ty mohou sloužit jako markery pozitivních nebo negativních změn v daném produktu – rostlina, živočich, potravina.
Stanoven je rovněž celkový obsah sacharidů, tuků a bílkovin v daném produktu – rostlina, živočich, potravina – a jednotlivé složky těchto skupin látek – sacharidy, mastné kyseliny, triacylglyceroly, steroly, proteiny (GC-MS, LC/MS, NMR, UV/VIS/IR spektroskopie, 2D PAGE, MALDI-TOF), v závislosti na aplikaci zkoumaných antropogenních látek.