Podobně jako je tomu u půdní mikroflóry, živočichové žijící v půdě jsou po většinu svého života v přímém kontaktu s půdou a tedy i s případnými kontaminanty, které se v půdě nacházejí. Pro účely řešení tohoto segmentu budou využity půdní hlístice (Nematoda) a žížaly (Lumbricidae). Právě tyto dvě skupiny půdních organismů mají v půdě nezastupitelný význam, protože hrají klíčovou roli v dekompozici organické hmoty, transformaci živin a energie v půdě.
V aktivitě je pozorována schopnost organismů (půdní mikroflóry) akumulovat a případně transformovat či degradovat sledované kontaminanty. Dalším sledovaným aspektem je komplexní biochemická a fyziologická odezva těchto živočichů na vstup kontaminujících látek.
Analýzy se zaměřují na popis společenstva půdních hlístic a žížal z hlediska struktury, tak i ekologických parametrů těchto společenstev (poměr pohlaví, indexy pestrosti apod.). Dále se určuje schopnost živočicha ve svém těle akumulovat kontaminanty z prostředí pomocí metod hmotnostní, případně emisní spektrometrie. Pro monitoring reakcí organismu na kontaminaci životního prostředí rizikovými prvky je užitá analýza obsahu metalothioneinů.
Tyto nízkomolekulární proteiny mají schopnost na sebe pomocí thiolových vazeb připoutat v různém složení například kadmium, rtuť a měď. V organismu živočicha slouží k transportu a detoxikaci kovových iontů, ochraně proti toxicitě kovů, likvidaci volných radikálů a hrají roli v metabolismu esenciálních kovových iontů a imunitních reakcích. Koncentrace metalothioneinů je měřena polarograficky, metodou diferenční pulsní voltametrie pomocí modifikované Brdičkovy reakce v argonové atmosféře.